A megszokottól nagyban eltérő képet fest a felkelő Nap országának meteorológiai képe: a nyár közepi esős napok után ezidőtájt rendszerint már tartósan száraz az idő a szigetországban, de idén úgy tűnik két csapadékos időszak kíséri a nyári szezont. Az időjárás-előrejelző központ még csak megsaccolni sem tudja az "esős évszak" (梅雨 - tsuyu) végét. A nyári csapadékos napok Japánban évente átlagosan 44,7 napig tartanak, de idén ez a szám minden bizonnyal emelkedni fog.

Június elején Japán-szerte elkezdődött a mindennapos esőzések és tartósan borult ég kísérete csapadékos időszak. A Csendes-óceán trópusi területein megjelent El Niño a kelet-ázsiai országok partjainál az átlagosnál gyengébb magas légnyomású rendszert hozott létre, ami miatt a csapadékzóna a korábban jelzettnél csak 12 nappal később érte el Japánt, viszont a vártnál sokkal több esőt vitt magával. Néhány hét borongós időjárást követően úgy tűnt helyre áll a szokott rend és az előrejelzéseknek megfelelően tiszta, meleg idő köszönt az országra. Július közepén azonban ismét beborul az ég a szigetország felett és újrakezdődtek a rendszeres, hosszan tartó esőzések.

Dél-Japán a teljes napfogyatkozás idején bosszankodhatott a felhős ég és az erős szél miatt, a nyugati prefektúrákban a heves esőzések miatt halálos áldozatokat is követelő földcsuszamlások történtek, keleten a viharos szél és a felerősödő záporok okoztak baleseteket és fennakadást a közlekedésben. Kinki régióban hirtelen jött tornádók pusztítottak. Északon az extrém időjárás miatt több hegymászó is meghalt.

Több éves megfigyelési adatokkal összehasonlítva a 2009. július végi csapadékmennyiség Honsu középső területein az átlagosnál 3,5-ször több (kb. 80 mm) volt. Japánban 1951. óta nem fordult elő, hogy az esős évszak még augusztusban is tartson. Legutóbb 1993-ban, szintén az El Nino jelenség hatására volt hasonló időjárás az ázsiai országban. Abban az évben is számos tragédia történt, valamint az erős esőzés tönkretette a rizstermés negy részét, komoly károkat okozva a japán élelmiszeriparnak. Emiatt a szakértők most is félnek, hogy gyenge terméssel és emiatt a '93-ashoz hasonló problémákkal kell majd szembenézniük.

A szinte rendszeresen borult égbolt következménye, hogy júliusban a napsütéses órák száma az ország északi, nyugati és déli területein is negatív rekordokat döntött. A Japán Meteorológiai Ügynökség jelentése szerint a statisztikák 1946-os megkezdése óta még nem érte ilyen kevés napfény (az átlagosnak mindössze 50-54 százaléka) a Japán-tenger vidékét.